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Thématiques

Science des données et modélisation pour le vivant et la santé

L’équipe développe des approches fondamentales et de nouveaux modèles mathématiques et physiques pour l’analyse et l’interprétation des données biologiques, notamment issues des technologies à haut débit, essentielles pour la compréhension des mécanismes du vivant.  Elle construit des modèles décrivant l'émergence évolutive de différences génétiques entre population, l'architecture ou la dynamique de réseaux d'interactions biologiques, la régulation et l'organisation de la chromatine, le contrôle—qualité des données issues des plates-formes à haut débit, ainsi que le risque lié aux fausses découvertes. Les techniques utilisées reposent en particulier sur des méthodes bayésiennes, d'inférence logique ou sur des simulations numériques.

L‘équipe analyse aussi des données épidémiologiques et démographiques provenant d’enquêtes, de cohortes, du registre du cancer et d’autres bases de données publiques. Elle développe des méthodes de modélisation statistique en épidémiologie clinique ou populationnelle et en santé  publique, pour l'évaluation des risques pour les populations ou l'estimation du sur-diagnostic.

 

Axes de recherche
  • Science des données

  • Biologie computationnelle 

  • Bioinformatique

  • Modélisation mathématique et physique

  • Données omiques

  • Biologie des systèmes

Programmes de recherche
Programmes de recherche

Les projets et contrats de recherche de BCM

Contrat FRM

L'interactome de la matrice extracellulaire.
Responsable(s) : Nicolas THIERRY MIEG
Contrat : FONDATION POUR LA RECHERCHE MEDICALE - CNRS - [2015-2018]

Projet AfriCrop

Biodiversité, évolution, écologie et agronomie
Responsable(s) : Olivier FRANCOIS
Contrat : AGENCE NATIONALE DE LA RECHERCHE (ANR-13-BSV7-0017) - CNRS - [2014-2018]
Étude de l'histoire évolutive des plantes domestiquées africaines.

Analyse des données Isère du Registre du Cancer

Responsable(s) : Patrice FRANCOIS
Contrat : Association Registre du Cancer de l'Isère - Financement de thèse - UNIVERSITE GRENOBLE ALPES - [2015-2017]
Description et apport de différentes méthodes d'analyses spatiales de données d'incidence : applications aux données du registre des cancers de l'Isère.

EpiDevoMath

Génétique et génomique : relation génotype-phénotype, interactions génome-environnement, épigénétique
Responsable(s) : Daniel JOST
Contrat : AGENCE NATIONALE DE LA RECHERCHE (ANR-15-CE12-0006) - CNRS - [2016-2018]
Régulation épigénétique du développement : vers une modélisation mathématique prédictive du repliement tridimensionnel du génome et de la mémoire cellulaire.

Convention INSERM

Responsable(s) : Daniel JOST
Contrat : Convention INSERM - UNIVERSITE GRENOBLE ALPES - [2015-2018]

FRM

Responsable(s) : Nicolas THIERRY MIEG
Contrat : FONDATION POUR LA RECHERCHE MÉDICALE - CNRS - [2015-2018]
L'interactome de la matrice extracellulaire.

MAS Flagella

Une nouvelle représentation du vivant
Responsable(s) : Nicolas THIERRY MIEG
Contrat : AGENCE NATIONALE DE LA RECHERCHE (ANR-14-CE15-0002) - CNRS - [2014-2019]
Génétique et physiopathologie des anomalies morphologiques du flagelle spermatique associé à une infertilité masculine.

AfriCrop

Responsable(s) : Olivier FRANCOIS
Contrat : AGENCE NATIONALE DE LA RECHERCHE (ANR-13-BSV7-0017) - CNRS - [2014-2018]
Étude de l'histoire évolutive des plantes domestiquées africaines.

Registre Cancer Isère

Responsable(s) : Patrice FRANCOIS
Contrat : Association Registre du Cancer de l'Isère - Financement de thèse - UNIVERSITE GRENOBLE ALPES - [2015-2017]
Description et apport de différentes méthodes d'analyses spatiales de données d'incidence : applications aux données du registre des cancers de l'Isère.
Membres
Introduction membres

L'équipe regroupe des doctorants, post-doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs et hospitalo-universitaires autour des sciences des données et de la modélisation pour le vivant et la santé:

Responsable(s)

Permanents

Autres

Doctorants

Anciens membres de l'equipe

Alumni


 Achard, Vérane
 Amblard, Cécile
 Ben Amor, Eddy
 Berro, Julien
 Caye, Kevin
 Csilléry, Katalin
 Carvunis, Anne-Ruxandra (co-encadrement avec Dr. M. Vidal, DFCI, Boston)
 Corblin, Fabien
 Deist, Timo
 Dias Alves, Thomas
 Douzal, Ahlame
 Duforet-Frebourg, Nicolas
 Durand, Eric
 Elena, Adrien
 Emily, Mathieu
 Frambourg, Cédric
 Forest, Loic
 Frichot, Eric
 Hajj Hassan, Ali
 Houssein, Sahal
 Jay, Flora
 Karaouzene, Thomas
 Kulkarni, Om
 Linge, Yanis
 Luu, Keurcien
 Martiel, Jean-Louis
 Mobilia, Nicolas
 Robelin, David
 Rolland, Jéremy
 Sambourg, Laure
 Schoville, Sean
 Sjöstrand, Agnes

 

Thèses

Les thèses en cours dans notre équipe :

  • Alexandre Bellier : "Les compétences relationnelles en consultation médicale : évaluation et développement pour la qualité des soins " (encadrée par José Labarere , CHAFFANJON Philippe )
  • Alban Caporossi : "Intérêt du deep sequencing dans le suivi des infections virales chroniques. " (encadrée par Olivier Francois , BLUM Michael )
  • Clémentine Decamps : "Hétérogénéité et stochasticité cellulaire dans les tissus sains et tumoraux. " (encadrée par JOST Daniel , Magali Richard )
  • Clément Gain : "Apprentissage profond pour évaluer la vulnérabilité génomique des populations face aux changements environnementaux. " (encadrée par Olivier Francois )
  • Basile Jumentier : "Analyse de la médiation des effets d'expositions environnementales sur la santé de l'enfant. " (encadrée par Olivier Francois , LEPEULE Johanna )
  • Kapil Newar : "Modeling the information transfer between metabolism and epigenetics " (encadrée par Eric Fanchon , Daniel JOST )
Plateformes - Ressources
PACKAGES AND SOFTWARES DEVELOPED BY BCM TEAM
 

 https://github.com/bcm-uga    

 

 

 

 

 

plateforme BCM

 

   

 

Contact

Adresse : TIMC-IMAG laboratory, BCM team, Pavillon TAILLEFER, IN3S, 38706 LA TRONCHE CEDEX - FRANCE