Alors que la biologie de synthèse, conceptualisée par François Jacob et Jacques Monod dans les années 1960, a concrètement émergé dans les années 2000, le terme “ingénierie" est souvent employé dans une démarche où chaque étape du protocole n’est ni totalement reproductible, ni totalement transposable à une autre situation a priori équivalente. Pour progresser dans ce sens, en plus du problème d’établir une terminologie commune et standardisée parmi les biologistes et bioinformaticiens, je discuterai de la nécessité d’intégrer les propriétés évolutives des organismes. Pour ceci, je m’appuierai sur mes travaux récents en génomique comparative et en biophysique des chromosomes. Je présenterai également les grandes lignes de quelques projets de recherche en cours. Ces derniers visent, in fine, à définir les contours d'un ''bricolage rationalisé'' ou, de façon équivalente, d'une ‘’ingénierie réaliste’’ des génomes bactériens, le terme ‘’bricolage'' faisant référence à François Jacob qui disait que “La nature n’est pas un.e ingénieur.e, c’est un.e bricoleur.e”.