Soutenance de thèse de Helena Martins le 26/09


Helena MARTINS de l’équipe BCM soutiendra sa thèse le mercredi 26 septembre 2018 à 14h :


« Méthodes Statistiques pour Identifier l’Adaptation Locale dans les Populations Continues et Métissées »

 

Lieu : Maison des Langues, Salle Jacques Cartier, 1141 avenue Centrale, 38400 Saint Martin d'Hères

 

Direction de Thèse :

  • M. Olivier FRANÇOIS, Professeur, Grenoble INP, lab TIMC-IMAG, Directeur

Membres du jury :

  • M Mathieu GAUTIER, Chargé de recherche, INRA, Rapporteur
  • Mme Stéphanie MANEL, Directrice d’Etude, CEFE/CNRS, Rapporteur
  • Mme Laurence DESPRES, Professeur, UGA, Examinateur
  • M Yves VIGOUROUX, Directeur de Recherche, IRD, Examinateur
  • M Michael BLUM, Directeur de Recherche, CNRS, Examinateur
     
 
Mots clés :
génétique des populations, scan génomique, populations mélangées, tests de différenciation des populations, déséquilibre de liaison, biostatistiques.
 

Résumé :

La recherche des signatures génétiques de l’adaptation locale est d’un grand intérêt pour de nombreuses études en génétique des populations. Les approches pour détecter les loci sélectifs à partir de leur contexte génomique, se concentrent souvent sur les valeurs extrêmes de l’indice de fixation, FST, pour les loci. Cependant, le calcul de l’indice de fixation devient difficile lorsque la population est génétiquement continue, lorsque la définition des sous-populations est difficile, ou en présence d’individus métissées dans l’échantillon.

Dans cette thèse, nous présentons une nouvelle méthode pour identifier des loci sous sélection basée sur une extension de la statistique FST à des échantillons comportant des individus métissées. Considérant des méthodes statistiques pour identifier l’adaptation locale dans une population métissée, nous avons inclus des données spatiales pour calculer les coefficients d’ascendance et les fréquences d’allèles ancestrales. Nous avons recherché les effets du déséquilibre de liaison (DL) et des méthodes d’élagage de DL dans les analyses pour détecter la sélection.

En conclusion, ce travail de thèse permet des scans génomiques en présence d’individus métissés, ouvrant des espaces pour des analyses biologiques variées.