Soutenance de thèse de Alban CAPOROSSI le 26/11/19
« Apport du séquençage haut débit dans l'analyse bioinformatique du génome du virus de l'hépatite C »
Direction de thèse :
- M. le Pr. Olivier FRANÇOIS, Université Grenoble Alpes, laboratoire TIMC UMR 5525 (Directeur)
- M. le Dr. Michael BLUM, Université Grenoble Alpes, laboratoire TIMC UMR 5525 (Co-directeur)
Jury :
- M. le Pr. Philippe HALFON, Hôpital Européen, Laboratoire Alphabio Marseille (Rapporteur)
- M. le Pr. Thierry WIRTH, Ecole Pratique des Hautes Études, Muséum National d'Histoire Naturelle Paris (Rapporteur)
- M. le Pr. Rodolphe THIEBAUT, Université de Bordeaux, CHU de Bordeaux (Examinateur)
- M. le Pr. Alexandre MOREAU-GAUDRY, Université Grenoble Alpes, laboratoire TIMC UMR 5525, CHU Grenoble Alpes (Président)
Résumé :Le séquençage haut débit a été utilisé dans ce travail pour reconstruire avec des méthodes adaptées le génome
viral entier du virus de l’hépatite C (VHC) notamment pour le typer avec précision. Une étude a ainsi permis
de mettre en évidence la présence d’une forme recombinante du VHC chez un patient. Une autre a permis
de typer et détecter les mutations de résistance de plusieurs souches de VHC de génotypes différents. Enfin,
une dernière étude basée sur cette approche a permis de découvrir une souche VHC appartenant à un nouveau
sous-type. Le séquençage haut débit a aussi été utilisé dans ce travail pour détecter des infections multiples et
analyser l’évolution virale en ciblant des gènes du VHC et en mettant en œuvre des méthodes non spécifiques
pour 2 patients VHC sous traitement. Cette étude rétrospective a permis de définir la composition de chaque
échantillon temporel, estimer leur diversité nucléotidique, explorer la structure génétique de la population virale
et son évolution temporelle et dater les infections secondaires. Les résultats obtenus supportent l’hypothèse d’un
mécanisme d’apparition de résistance au traitement (selective sweeps).
viral entier du virus de l’hépatite C (VHC) notamment pour le typer avec précision. Une étude a ainsi permis
de mettre en évidence la présence d’une forme recombinante du VHC chez un patient. Une autre a permis
de typer et détecter les mutations de résistance de plusieurs souches de VHC de génotypes différents. Enfin,
une dernière étude basée sur cette approche a permis de découvrir une souche VHC appartenant à un nouveau
sous-type. Le séquençage haut débit a aussi été utilisé dans ce travail pour détecter des infections multiples et
analyser l’évolution virale en ciblant des gènes du VHC et en mettant en œuvre des méthodes non spécifiques
pour 2 patients VHC sous traitement. Cette étude rétrospective a permis de définir la composition de chaque
échantillon temporel, estimer leur diversité nucléotidique, explorer la structure génétique de la population virale
et son évolution temporelle et dater les infections secondaires. Les résultats obtenus supportent l’hypothèse d’un
mécanisme d’apparition de résistance au traitement (selective sweeps).
Mots clés :
Séquençage haut débit, Virus de l’Hépatite C, Génome entier, Génotypage, Infection multiple, Évolution virale