Data science and modeling for living systems and healthcare
The team develops fundamental approaches and new mathematical and physical models for the analysis and interpretation of biological data, particularly those derived from high-throughput technologies. It builds models describing the evolutionary emergence of genetic differences between populations, the architecture or dynamics of biological interaction networks, the regulation and organization of chromatin, the quality control of data issued from high-throughput platforms as well as the risk associated with false discovery. The developed methods are based in particular on Bayesian methods, logical inference or on numerical simulations.
The team also analyzes epidemiological and demographic data from surveys, cohorts, cancer registries and other public databases. It develops methods of statistical modeling in clinical or population epidemiology and in public health, for the assessment of risks to populations or the estimation of over-diagnosis.
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Data Science
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Computational Biology
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Bioinformatics
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Physical and Mathematical Modeling
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Omics Data
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Systems Biology
ARTICAH
ATAVISME
COMETH
COMETH is a program dedicated to big data integration in Health. This program targets the current critical need to evaluate novel computational methods and to apply them directly on real health datasets, daily faced by health data scientist and health professionals. As a proof of concept, our project will generate a benchmarking framework and apply it to the quantification of cell heterogeneity in cancer, though our design will lend itself to a variety of other applications. We will provide a digital platform containing statistical methods to be benchmarked and datasets developed by health data scientists, and a web application dedicated to the direct use of these methods on novel clinical datasets provided by health professionals. A 2-day course on the use of the web application will be organised for health professionals.
Epigenetic Deregulation in Cancer
MeReTho
MIM-REG
MSPEG
TRAGICOMIC
FLAGEL-OME
HADACA
LuCaH
Caractérisation de l’hétérogénéité intra-tumorale dans le contexte du cancer
ETAPE
INOVOLINE
Dans le cadre du FUI-24, le consortium du projet INOVOLINE mené par la société INOVOTION a été sélectionné pour automatiser ses tests in vivo d’efficacité et de toxicité pour le Drug Discovery. Le consortium intègre l’expertise d’Alprobotic en robotique, le laboratoire TIMC (UGA) pour son expertise en imagerie du vivant, celle de l’INRIA pour l’Apprentissage Automatique, et les Hospices Civils de Lyon (HCL). INOVOLINE ouvre la voie pour la découverte accélérée de nouveaux traitements pour guérir le cancer, et améliorer la prise en charge des patients.
EpiDevoMath
Subvention FRM Cytosquelette
Subvention INSERM
Convention IKKI/CNRS
Contrat FRM
Registre du Cancer Isère
Convention INSERM
AfriCrop
MAS Flagella
The team brings together PhD students, post-docs, researchers, professors and medical doctors around the data science and modeling for living systems and healthcare:
Team coordinator(s)
- Angélique Stéphanou (Chercheur)
Permanent members
- Bastien Boussat (Enseignant chercheur)
- Arnaud Chauviere (Enseignant chercheur)
- Ibrahim Cheddadi (Enseignant chercheur)
- Eric Fanchon (Chercheur)
- Arnold Fertin (IT-BIATSS)
- Olivier Francois (Enseignant chercheur)
- Patrice Francois (Enseignant chercheur)
- Antoine Frenoy (Enseignant chercheur)
- Nicolas Glade (Enseignant chercheur)
- Pierre-Simon Jouk (Enseignant chercheur)
- José Labarere (Enseignant chercheur)
- Magali Richard (Chercheur)
- Arnaud Seigneurin (Enseignant chercheur)
- Angélique Stephanou (Chercheur)
- Nicolas Thierry-Mieg (Chercheur)
- Yves Usson (Chercheur)
- Boudewijn Van Der Sanden (Chercheur)
Others members
- Claire Cécile Barrot (Chercheur contractuel)
- Abderhaman Cheniour (IT-BIATSS)
- Irène Garcia-Ferrer (Chercheur contractuel)
- Slim Karkar (Chercheur contractuel)
- Yasmina Kermezli (Chercheur contractuel)
- Ian Manifacier (Chercheur contractuel)
- Fabien Quinquis (Stagiaire)
- Sara Si-Moussi (Chercheur contractuel)
- Laurent Trilling (Collaborateur bénévole)
- Laura Turchi (Doctorant extérieur)
- Walid bertal (Stagiaire)
PhD students
- Alexandre Bellier (Doctorant)
- Clémentine Decamps (Doctorant)
- Benjamin Fayolle (Doctorant)
- Clément Gain (Doctorant)
- Pierre Jacquet (Doctorant)
- Basile Jumentier (Doctorant)
- Rémi Segretain (Doctorant)
- Amandine Septier (Doctorant)
- Nathan Shourick (Doctorant)
- Kevin Spinicci (Doctorant)
- Alaa Tafech (Doctorant)
Anciens membres de l'equipe
Alumni
Achard, Vérane
Amblard, Cécile
Ben Amor, Eddy
Berro, Julien
Blum, Michaël (DR CNRS actuellement en dispo chez OWKIN)
Carvunis, Anne-Ruxandra (co-encadrement avec Dr. M. Vidal, DFCI, Boston)
Caye, Kevin
Csilléry, Katalin
Corblin, Fabien
Deist, Timo
Dias Alves, Thomas
Douzal, Ahlame
Duforet-Frebourg, Nicolas
Durand, Eric
Elena, Adrien
Emily, Mathieu
Frambourg, Cédric
Forest, Loic
Frichot, Eric
Hajj Hassan, Ali
Houssein, Sahal
Jay, Flora
Karaouzene, Thomas
Kulkarni, Om
Linge, Yanis
Luu, Keurcien
Martiel, Jean-Louis
Mobilia, Nicolas
Robelin, David
Rolland, Jéremy
Sambourg, Laure
Schoville, Sean
Sjöstrand, Agnes
The PhD thesis in progress in our team:
- Alexandre Bellier : "Les compétences relationnelles en consultation médicale : évaluation et développement pour la qualité des soins " (framed by José Labarere , CHAFFANJON Philippe )
- Clémentine Decamps : "Hétérogénéité et stochasticité cellulaire dans les tissus sains et tumoraux. " (framed by JOST Daniel , Magali Richard )
- Benjamin Fayolle : "Mesure de l'impact de paramètres environnementaux sur la biodiversité " (framed by Olivier Francois , GALIEZ Clovis )
- Clément Gain : "Apprentissage profond pour évaluer la vulnérabilité génomique des populations face aux changements environnementaux. " (framed by Olivier Francois )
- Pierre Jacquet : "Apport à la compréhension du métabolisme tumoral par la modélisation et validation quantitative à partir de l'imagerie 3D de sphéroïdes tumoraux issus de gliomes. " (framed by Angélique Stephanou )
- Basile Jumentier : "Analyse de la médiation des effets d'expositions environnementales sur la santé de l'enfant. " (framed by Olivier Francois , LEPEULE Johanna )
- Rémi Segretain : "Projet Atavisme - Inférence de réseau Booléens à signes par programmation logique par contrainte pour modéliser l'homéostasie cellulaire et tester la théorie ataviste du cancer " (framed by Nicolas Glade )
- Amandine Septier : "Modélisation et analyse intégrative de la flagellogénèse " (framed by Nicolas THIERRY-MIEG )
- Nathan Shourick : "Modélisation mathématique et numérique du mouvement collectif dans les épithéliums " (framed by SARAMITO Pierre (LJK) , GRANER François (MSC Paris) , Ibrahim Cheddadi )
- Kevin Spinicci : "Approches computationnelles et mathématiques pour la compréhension de la reprogrammation du métabolisme des cellules tumorales et conséquences pour l'optimisation thérapeutique " (framed by Angélique Stephanou , POWATHIL Gibin )
- Alaa Tafech : "Développement de méthodes - sur sphéroïdes tumoraux in vitro - pour la mesure de paramètres bio-physiologiques associés à l'évolution tumorale et à des fins d'optimisation thérapeutique par une approche couplée de modélisation et d'imagerie " (framed by Angélique Stephanou )
Cellular and Tissue Imaging Platform
Specificity : Dynamic cell imaging and methodological and technological developments (image processing and analysis) for functional microscopy of living organisms and mechanobiology Localisation : |
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Scientific Manager : Yves Usson
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